FC Vysočina Jihlava působí v české nejvyšší soutěži celkově 4. sezonu, což je nejméně ze všech nynějších prvoligových klubů. Do 2. ligy vůbec poprvé ve své historii postoupila v roce 2000, přestože v MSFL obsadila 2. příčku za HFK Olomouc. Místo pro Jihlavu se totiž uvolnilo po odstoupení NH Ostrava, jenž strávila ve 2. lize 2 roky. 5 let poté se dočkala i premiérové účasti v 1. lize, kterou však po roce opět opustila. Na návrat zpět si pak musela počkat dalších 6 sezon.

Během jedenácti druholigových let se vždy umístila v horní polovině tabulky, když prostřídala všechny pozice od 2. do 7. příčky. Nejčastěji obsazovala 7. místo (celkem 3x). Obě její postupové sezony byly v porovnání s ostatními něčím výjimečné. Ročník 2004/2005 se (po sedmi letech) stal již 2. v této soutěži, jenž se dohrával pouze s patnácti účastníky – před začátkem jarní části totiž došlo k vyřazení Bohemians a tím pádem i k anulování jejich výsledků. Jihlava přezimovala na 5. místě a až zlepšeným závěrem, v němž z posledních šesti zápasů 5x vyhrála a 1x remizovala, se vyhoupla na konečnou 2. pozici. Lépe se jí dařilo na soupeřových hřištích, kde získala o 6 bodů více než doma. Jen s Plzní prohrála v obou utkáních.

Tato sezona byla však neobvyklá ještě tím, že z 1. ligy navíc vypadly Drnovice, přestože obsadily 9. pozici. Uvolnilo se tak místo pro 3. celek druholigové tabulky Viktorii Plzeň, která postoupila dodatečně a jako jediná z někdejších tří nováčků v nejvyšší soutěži působí bez přerušení dodnes (vítěz 2. ligy Most spadl po třech letech a právě nyní sestupuje do ČFL). Pouze 3 současné prvoligové kluby – Plzeň, Jihlava a Hradec Králové (nebudou-li se počítat Bohemians) – se před deseti lety nacházely o soutěž níž.

Až v závěrečném kole následující sezony 2005/2006 se právě mezi prvními dvěma zmíněnými celky rozhodovalo o tom, kdo doprovodí Blšany do 2. ligy. Jihlavě stačilo doma porazit Slavii, nakonec jí však podlehla 0:3 a po výhře 3:1 na Spartě se udržela Plzeň, která se tak posunula na 14. místo. Bylo to vůbec naposled, kdy Viktoria hrála o záchranu. Rok nato skončila na 6. pozici, což tehdy znamenalo její největší úspěch od roku 1994. Jihlava se naopak do 1. ligy mohla při troše štěstí vrátit dříve než po šesti letech.

Postup si vybojovala až v ročníku 2011/2012, přestože jej zahájila dvěma vysokými domácími porážkami – 0:3 se střížkovskými Bohemians a 2:5 s Ústím nad Labem, jenž právě sestoupilo z 1. ligy. I přes tento nevydařený úvod se Jihlava později dokázala posunout na 2. místo v konečné tabulce. Výjimečná na této sezoně byla skutečnost, že vítěz soutěže (výše uvedené Ústí nad Labem) nakonec nepostoupil. Stejně dopadl také 3. Sokolov a tak se vrátila zpět hned po roce 4. Zbrojovka Brno.

Svou obnovenou prvoligovou premiéru otevřela Jihlava sérií pěti nerozhodných výsledků v řadě (!), poté zvítězila v Mladé Boleslavi a nad Ostravou. Poprvé (ale zato pořádně) prohrála až v 8. kole v Brně – 1:5. Za celou sezonu hned 15x remizovala, čehož naposledy dosáhly České Budějovice v ročníku 2008/2009, kdy si připsaly navlas shodnou bilanci (30-7-15-8) jako předloni Vysočina a také obsadily 10. místo. Absolutní rekord v počtu remíz v samostatné 1. lize je ještě o jednu vyšší (16) a dělí se o něj Teplice (2005/2006) a Most (2006/2007).

Zatímco ve výše zmíněné nováčkovské sezoně neměl jihlavský celek žádné vážnější potíže s udržením, začátek loňského ročníku mu vůbec nevyšel a totéž se opakovalo i v úvodu letošního – v obou těchto případech vše vyřešily až výměny trenérů, po kterých vždy nastalo výrazné zlepšení a rychlý únik ze sestupových pozic až do středu ligové tabulky. Loni tak Vysočina skončila na 8. místě, v této chvíli (3 kola před koncem) se nachází na 9. příčce.

Bilance vzájemných utkání je překvapivě vyrovnaná (7-2-3-2), navíc Jihlava je jedním ze tří celků, jenž v tomto ročníku dokázaly Plzeň porazit (!). Stalo se tak v listopadu týden po domácím vítězství nad Spartou, od té doby však Viktoria venku kromě bezbrankové remízy v Teplicích všechny ostatní zápasy vyhrála, doma pak neuspěla jen s Mladou Boleslaví. Oba kluby se před časem utkaly i ve 2. lize, kde společně odehrály 3 sezony během let 2001–2005 (6-5-0-1).

V historii české nejvyšší soutěže Vysočina Jihlava dosud sehrála 117 zápasů s bilancí 32 vítězství, 39 nerozhodných výsledků a 46 porážek. Ze současných prvoligových klubů nejčastěji vyhrává nad Slavií (5x), remizuje s Jabloncem a Libercem (s oběma shodně 4x) a prohrává se Spartou (6x). Nejvýraznější prohru i výhru zaznamenala v minulém ročníku – v listopadu 2013 utrpěla v Příbrami debakl 0:5 a o 4 měsíce později naopak stejným poměrem rozstřílela Olomouc (Sigma se po roce vrací zpět do 1. ligy!). Za posledních 2 a půl roku se Jihlavě mimořádně daří proti Slavii, kterou porazila již 5x po sobě (!), totéž se povedlo už jen Spartě, dokonce i v totožném období (tyto série jsou tedy stále aktuální). Ve 2. lize odehrála 11 sezon (328-149-85-94)