FC Vysočina Jihlava působí v české nejvyí soutěi celkově 4. sezonu, co je nejméně ze vech nynějích prvoligových klubů. Do 2. ligy vůbec poprvé ve své historii postoupila v roce 2000, přestoe v MSFL obsadila 2. příčku za HFK Olomouc. Místo pro Jihlavu se toti uvolnilo po odstoupení NH Ostrava, jen strávila ve 2. lize 2 roky. 5 let poté se dočkala i premiérové účasti v 1. lize, kterou vak po roce opět opustila. Na návrat zpět si pak musela počkat dalích 6 sezon.
Během jedenácti druholigových let se vdy umístila v horní polovině tabulky, kdy prostřídala vechny pozice od 2. do 7. příčky. Nejčastěji obsazovala 7. místo (celkem 3x). Obě její postupové sezony byly v porovnání s ostatními něčím výjimečné. Ročník 2004/2005 se (po sedmi letech) stal ji 2. v této soutěi, jen se dohrával pouze s patnácti účastníky před začátkem jarní části toti dolo k vyřazení Bohemians a tím pádem i k anulování jejich výsledků. Jihlava přezimovala na 5. místě a a zlepeným závěrem, v něm z posledních esti zápasů 5x vyhrála a 1x remizovala, se vyhoupla na konečnou 2. pozici. Lépe se jí dařilo na soupeřových hřitích, kde získala o 6 bodů více ne doma. Jen s Plzní prohrála v obou utkáních.Tato sezona byla vak neobvyklá jetě tím, e z 1. ligy navíc vypadly Drnovice, přestoe obsadily 9. pozici. Uvolnilo se tak místo pro 3. celek druholigové tabulky Viktorii Plzeň, která postoupila dodatečně a jako jediná z někdejích tří nováčků v nejvyí soutěi působí bez přeruení dodnes (vítěz 2. ligy Most spadl po třech letech a právě nyní sestupuje do ČFL). Pouze 3 současné prvoligové kluby Plzeň, Jihlava a Hradec Králové (nebudou-li se počítat Bohemians) se před deseti lety nacházely o soutě ní.
A v závěrečném kole následující sezony 2005/2006 se právě mezi prvními dvěma zmíněnými celky rozhodovalo o tom, kdo doprovodí Blany do 2. ligy. Jihlavě stačilo doma porazit Slavii, nakonec jí vak podlehla 0:3 a po výhře 3:1 na Spartě se udrela Plzeň, která se tak posunula na 14. místo. Bylo to vůbec naposled, kdy Viktoria hrála o záchranu. Rok nato skončila na 6. pozici, co tehdy znamenalo její největí úspěch od roku 1994. Jihlava se naopak do 1. ligy mohla při troe těstí vrátit dříve ne po esti letech.
Postup si vybojovala a v ročníku 2011/2012, přestoe jej zahájila dvěma vysokými domácími porákami 0:3 se stříkovskými Bohemians a 2:5 s Ústím nad Labem, jen právě sestoupilo z 1. ligy. I přes tento nevydařený úvod se Jihlava později dokázala posunout na 2. místo v konečné tabulce. Výjimečná na této sezoně byla skutečnost, e vítěz soutěe (výe uvedené Ústí nad Labem) nakonec nepostoupil. Stejně dopadl také 3. Sokolov a tak se vrátila zpět hned po roce 4. Zbrojovka Brno.
Svou obnovenou prvoligovou premiéru otevřela Jihlava sérií pěti nerozhodných výsledků v řadě (!), poté zvítězila v Mladé Boleslavi a nad Ostravou. Poprvé (ale zato pořádně) prohrála a v 8. kole v Brně 1:5. Za celou sezonu hned 15x remizovala, čeho naposledy dosáhly České Budějovice v ročníku 2008/2009, kdy si připsaly navlas shodnou bilanci (30-7-15-8) jako předloni Vysočina a také obsadily 10. místo. Absolutní rekord v počtu remíz v samostatné 1. lize je jetě o jednu vyí (16) a dělí se o něj Teplice (2005/2006) a Most (2006/2007).
Zatímco ve výe zmíněné nováčkovské sezoně neměl jihlavský celek ádné vánějí potíe s udrením, začátek loňského ročníku mu vůbec nevyel a toté se opakovalo i v úvodu letoního v obou těchto případech ve vyřeily a výměny trenérů, po kterých vdy nastalo výrazné zlepení a rychlý únik ze sestupových pozic a do středu ligové tabulky. Loni tak Vysočina skončila na 8. místě, v této chvíli (3 kola před koncem) se nachází na 9. příčce.
Bilance vzájemných utkání je překvapivě vyrovnaná (7-2-3-2), navíc Jihlava je jedním ze tří celků, jen v tomto ročníku dokázaly Plzeň porazit (!). Stalo se tak v listopadu týden po domácím vítězství nad Spartou, od té doby vak Viktoria venku kromě bezbrankové remízy v Teplicích vechny ostatní zápasy vyhrála, doma pak neuspěla jen s Mladou Boleslaví. Oba kluby se před časem utkaly i ve 2. lize, kde společně odehrály 3 sezony během let 20012005 (6-5-0-1).
V historii české nejvyí soutěe Vysočina Jihlava dosud sehrála 117 zápasů s bilancí 32 vítězství, 39 nerozhodných výsledků a 46 poráek. Ze současných prvoligových klubů nejčastěji vyhrává nad Slavií (5x), remizuje s Jabloncem a Libercem (s oběma shodně 4x) a prohrává se Spartou (6x). Nejvýraznějí prohru i výhru zaznamenala v minulém ročníku v listopadu 2013 utrpěla v Příbrami debakl 0:5 a o 4 měsíce později naopak stejným poměrem rozstřílela Olomouc (Sigma se po roce vrací zpět do 1. ligy!). Za posledních 2 a půl roku se Jihlavě mimořádně daří proti Slavii, kterou porazila ji 5x po sobě (!), toté se povedlo u jen Spartě, dokonce i v totoném období (tyto série jsou tedy stále aktuální). Ve 2. lize odehrála 11 sezon (328-149-85-94)