FC Fastav Zlín působí v české nejvyšší soutěži již od jejího vzniku s dvěma shodně šestiletými přerušeními celkově 11. sezonu. V roce 1993 patřil mezi šestici nováčků, když v někdejší 1. ČNFL, ve které od roku 1982 strávil nepřetržitě 11 let, obsadil 6., tedy poslední postupové místo. Z těchto týmů nyní účinkuje v 1. lize přesně polovina – ještě Viktoria Plzeň a Slovan Liberec, oba trojnásobní mistři. Zlín se tak do prvoligové společnosti vrátil po 22 letech (poprvé od roku 1971).

Během předchozích 10 sezon nejčastěji obsazoval 11. místo (celkem 3x), nejlépe se umístil na 7. pozici (2x a navíc po sobě) – 2002/2003 a 2003/2004, nejhůře naopak na sestupové 15. příčce (také 2x) – 1995/1996 a 2008/2009. Ze všech nových účastníků premiérového ročníku samostatné české ligové soutěže se právě Zlín stal prvním klubem, jenž z ní (po 3 letech) vypadl, krátce nato jej napodobil Cheb, i když se původně udržel (skončil 13.). Společně se 16. Uherským Hradištěm tak 1. ligu opustily hned 3 celky, podruhé a dosud naposledy se tato situace opakovala o 9 let později (2004/2005), kdy se k Českým Budějovicím a Opavě přidaly ještě 9. Drnovice. Další z šesti výše zmíněných nováčků zahajovací sezony se s nejvyšší soutěží rozloučil již natrvalo a díky tomu se na toto uvolněné prvoligové místo posunula Viktoria Plzeň.

Celý rok a půl si Zlín (snad až na debakly od Slavie a Žižkova) vedl v 1. lize poměrně obstojně a ještě zkraje jarní části 1995 doma těsně udolal Cheb a Liberec. Poté však následovala devítizápasová série bez vstřeleného gólu, kterou odstartovala porážka v Plzni 0:2 (uhrál jen 3 body za stejný počet bezbrankových remíz). Až 2 kola před koncem uspěl na půdě beznadějně posledního Benešova hladce 3:0 a tím se definitivně zachránil. Tuto sezonu zakončil už druhým pětigólovým přídělem od Žižkova.

Ročník 1995/1996 (zejména jeho podzimní část) však předčil i ta nejčernější očekávání. Po úvodní remíze 1:1 s Hradcem Králové totiž Zlín neskóroval v 10 utkáních v řadě (2x hrál 0:0) a tuto sérii, jenž dodnes nikdo nepřekonal, uzavřel tam, kde otevřel tu jarní, která trvala jen o zápas méně, tedy v plzeňských Štruncových sadech, odkud si odvezl prohru 0:3. Po 11. kole měl málokdy vídané skóre 1:19 (!). Své 2. branky se dočkal přesně na den po třech měsících od té 1. a po více než 1000 minutách v utkání proti Českým Budějovicím a protože zůstala jediná, připsal si i 1. výhru. Ani výrazné zlepšení na jaře (vstřelil 14 gólů a získal 19 bodů), už k udržení nestačilo, na 14. Hradec Králové mu chyběly 2 body.

V následujícím druholigovém ročníku 1996/1997 obsadil 3. místo za postupujícími Duklou Praha a Lázněmi Bohdaneč, poté skončil 5., 2x po sobě 8., znovu 5. a pak již přišla úspěšná sezona 2001/2002 a především její jarní polovina, kterou odehrál bez porážky. Návrat do 1. ligy po 6 letech si zajistil už 3 kola před závěrem, v konečné tabulce mu patřila 2. pozice o 2 body zpět za Českými Budějovicemi a naopak s výrazným náskokem na 3. Mladou Boleslav (12) a 4. Plzeň (14). Avšak nejslavnější éra jak Středočechů, tak i Západočechů měla teprve přijít…

Zlín jako nováček ročníku 2002/2003 obsadil výborné 7. místo, které navíc hned za rok obhájil. Tehdy také 3x za sebou dokázal porazit Spartu – v listopadu 2002 jí na pražské Letné připravil jedinou podzimní a zároveň i domácí prohru. Naopak nad Slavií se mu podařilo vyhrát pouze 1x – v úvodním kole sezony 2004/2005, jinak si připsal už jen 2 remízy, naposledy v dubnu 2006 – 2:2. Na jaře 2008 doma zvítězil jenom nad Plzní 3:1, v ostatních sedmi zápasech dokonce ani nevstřelil branku, daleko lépe si vedl venku, odkud si přivezl 3 výhry, což mu stačilo na 8. pozici v tabulce, těsně před Viktorií Plzeň.

Další sezona 2008/2009 však Zlínu mimořádně nevyšla – od 11. kola se pohyboval výhradně na sestupových příčkách, kde setrval až do konce. Ještě začátkem října opět zdolal Plzeň, tentokrát 2:0, ale to bylo na déle než půl roku vše; následovala totiž černá série 14 utkání bez vítězství (pouze 5 remíz), jenž vyvrcholila jarní odvetou na západě Čech a výpraskem od Viktorie 0:5. Po 23. kolech nasbíral pouhých 13 bodů a přestože z posledních 7 zápasů získal 16 bodů (o 3 více než za předchozí ¾ soutěže!), na záchranu už nedosáhl – na 14. Kladno ztrácel 2 body a po 7 letech se musel s 1. ligou rozloučit.

Zlín se v obnovené druholigové premiéře až do 20. kola, po němž dokonce vedl tabulku, držel ve hře o postup, závěrečnou třetinu soutěže ale vůbec nezvládl (spadl na 3. příčku) a sen o rychlém návratu se rozplynul. S oběma postupujícími – Hradcem Králové a Ústím nad Labem – uhrál 1 bod z 12 možných, 2x podlehl i Žižkovu, s nímž v předcházejícím ročníku sestoupil. Pak zažil i podprůměrné sezony – 2x skončil 11. (2010/2011 a 2013/2014) a 1x 10. (2011/2012).

Vyšla mu až jarní část uplynulé sezony, kterou zahájil šesti výhrami za sebou a tím se vyhoupl ze 7. na 2. pozici. Přestože nakonec toto umístění neudržel a znova byl předstižen Varnsdorfem, mrzet jej to moc nemuselo – při známých potížích Severočechů, jenž jim zabránily posunout se o patro výš, se tak právě Zlín stává staronovým prvoligovým účastníkem, kam se (stejně jako v roce 2002) vrací opět po 6 letech. Už potřetí a po totožné době dochází k tomu, že klub, který si vybojoval postup, si 1. ligu nezahrál – v roce 2009 tak 10. Slovácko vystřídalo 2. Čáslav, o 3 roky později 4. Brno nahradilo 1. Ústí nad Labem a nyní tedy 3. Zlín postoupil místo 2. Varnsdorfu.

Bilance vzájemných utkání je vyrovnaná – 16-6-4-6, a příliš se nedaří hostujícím celkům. Zlín v Plzni pouze 3x remizoval, Západočeši na jeho půdě zvítězili jen 1x – 2:1 v srpnu 2006. Velmi zvláštní situace se udála v roce 2008, kdy Viktoria zažila černou sérii jak na jaře (10 zápasů bez výhry v řadě), tak i na podzim (o 1 utkání méně). Obě její výše uvedené porážky ve Zlíně totiž pocházejí právě z těchto období. Naopak v dubnu 2009 svého soupeře deklasovala 5:0 a v tu chvíli šlo o nejvýraznější plzeňské prvoligové vítězství od roku 1962 (!). Od té doby už podobných výsledků zaznamenala více, naposledy letos v únoru hned po zimní přestávce – 6:0 proti Českým Budějovicím. Oba kluby se v minulosti potkaly ve dvou sezonách (1999/2000 a 2001/2002) i ve 2. lize, tam pro změnu ani v jednom ze 4 zápasů domácí nevyhráli (1-2-1)…

V historii české nejvyšší soutěže Zlín dosud sehrál 309 zápasů s bilancí 88-89-132. Ze současných prvoligových klubů nejčastěji vyhrává nad Brnem (8x), remizuje s Ostravou (10x) a prohrává se Slavií (18x). Rekordní vítězství i porážku si připsal krátce po sobě na podzim 2007; obě tato utkání od sebe dělilo 43 dní a 5 ligových kol – nejprve si koncem září odvezl příděl 1:7 ze Slavie, v listopadu si pak doma poradil s Kladnem 4:0. Ve 2. lize odehrál celkem 12 sezon – 358-150-101-107.